根据《基本法》的规定，1997年后的香港特别行政区要实行民主的政治体制，由爱国者为主体的香港人自己管理香港，实行高度自治，保留那些适合香港情況的政治体制，尽可能不作大的变动，但是涉及国家主权或属于殖民主义的体制必须加以改变。这样做有利于渐进地发展民主，保持香港的繁荣与稳定。
从整个香港的政治体制来说，1997年7月1日后必然要发生革除殖民主义统治、体现祖国主权的一系列根本变化。一方面，港英总督的统治宣告结束；英国在香港的军事和外交机构宣告撤销；香港现行立法局宣告解散；香港现行行政局及布政司署宣告撒销；英国枢密院司法委员会作为香港的最高上诉机关的地位宣告完结。这意味着结束以港督为标志的殖民主义统治的政治体制。另一方面，建立香港特别行政区行政长官、政府、立法会和终审法院；行政长官依法有权解散立法机关；立法机关依法有权弹劾行政长官；行政机关对立法机关负责；行政长官、行政机关和立法机关既互相制衡，又互相配合。这意味着，建立起符合“一国两制”的民主政治体制。这是一场革故鼎新的变革。
香港特别行政区高度自治的民主政治体制既不搬用内地的立法、司法和行政机构，也不照抄现行香港的机构名称。《基本法》规定的香港特别行政区的政治体制包括以下几方面新内容：
（1）香港特别行政区的主要机构设置。
香港特别行政区的最主要的机构是：行政长官及政府，立法会，终审法院。此外，还有行政会议、廉政公署、审计署，政府设有政务司、财政司、律政司和各局、处、署。
行政长官的产生，《基本法》作了详细的规定。《基本法》第45条规定：“香港特别行政区行政长官在当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命。行政长官的产生办法根据香港特别行政区的实际情况和循序渐进的原则而规定，最终达至由一个有广泛代表性的提名委员会按民主程序提名后普选产生的目标。行政长官产生的具体办法由附件一《香港特别行政区行政长官的产生办法》规定。”《基本法》还规定，行政长官是特别行政区的首长，代表香港特别行政区，对中央人民政府和香港特别行政区负责。行政长官由年满40周岁、在香港通常居住连续满20年并在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民担任。行政长官任期5年，可连任一次。行政长官必须廉洁奉公，尽忠职守。行政长官就任时应向香港特别行政区终审法院首席法官申报财产，记录在案。
行政长官行使的权力较大，体现了香港特别行政区的高度自治权。《基本法》规定了行政长官行使以下13种职权：1）领导香港特别行政区政府；2）负责执行本法和依照本法适用于香港特别行政区的其他法律；3）签署立法会通过的法案，公布法律；签署立法会通过的财政预算案，将财政预算、决算报中央人民政府备案；4）决定政府政策和发布行政命令；5）提名并报请中央人民政府任命下列官员：各司司长、副司长，各局局长，廉政公署专员，审计署署长，警务处处长，入境事务处处长，海关关长；建议中央人民政府免除上述官员职务；6）依照法定程序任免各级法院法官；7）依照法定程序任免公职人员；8）执行中央人民政府就本法规定的有关事务发出的指令；9）代表香港特别行政区政府处理中央授权的对外事务和其他事务；10）批准向立法会提出有关财政收入或支出的动议；11）根据安全和重大公共利益的考虑，决定政府官员或其他负责政府公务的人员是否向立法会或其属下的委员会作证和提供证据；12）赦免或减轻刑事罪犯的刑罚；13）处理请愿、申诉事项。
立法会是香港特别行政区的立法机关。《基本法》对立法会的产生及其议员条件作了如下规定：香港特别行政区立法会由选举产生。其产生办法根据香港特别行政区的实际情况和循序渐进的原则而规定，最终达到全部议员由普选产生的目标。立法会产生的具体办法和法案、议案的表决程序由《基本法》的附件二作了规定。对于立法会议员的条件，《基本法》也作了规定：立法会由在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民组成。但非中国籍的香港特别行政区永久性居民和在外国有居留权的香港特别行政区永久性居民也可以当选为香港特别行政区立法会议员，其所占比例不得超过立法会全体议员的20%。