《基本法》的主要内容之一就是中央政府与香港特别行政区的关系。
《基本法》第12条规定：“香港特别行政区是中华人民共和国的一个享有高度自治权的地方行政区域，直辖于中央人民政府。”《基本法》第1条规定：“香港特别行政区是中华人民共和国不可分离的部分。”这就是香港特别行政区同中央政府关系的法律基础，也规定了香港特别行政区的法律地位。
香港特别行政区的这一法律地位有4个要点：一是香港特别行政区与祖国不可分离；二是香港特别行政区是我国的一个地方行政区域；三是香港特别行政区享有高度的自治权；四是香港特别行政区直辖于中央人民政府。
香港特别行政区法律地位所确定的与中央政府的关系，体现在以下两个方面：
第一，中央人民政府对香港特别行政区的权力。
香港的高度自治的前提是国家的统一，离开了国家的统一，香港就谈不上高度自治。因此，《基本法》规定了中央人民政府对香港特别行政区的权力。
（1）从立法角度看，《基本法》是由全国人民代表大会制定并通过的。其解释权在全国人大常委会。
正如《基本法》规定的：“根据中华人民共和国宪法，全国人民代表大会特制定中华人民共和国香港特别行政区基本法，规定香港特别行政区实行的制度，以保障国家对香港的基本方针政策的实施。”《基本法》第17条规定：“全国人民代表大会常务委员会在征询其所属的香港特别行政区基本法委员会后，如认为香港特别行政区立法机关制定的任何法律不符合本法关于中央管理的事务及中央和香港特别行政区的关系的条款，可将有关法律发回，但不作修改。经全国人民代表大会常务委员会发回的法律立即失效。”可见，《基本法》体现了最高立法权属于全国人民代表大会这一原则。
另外，全国人大常委会还有权决定在香港实施的全国性法律的增减。《基本法》第18条规定：“全国人民代表大会常务委员会在征询其所属的香港特别行政区基本法委员会和香港特别行政区政府的意见后，可对列于本法附件三的法律作出增减……”“全国人民代表大会常务委员会决定宣布战争状态或因香港特别行政区内发生香港特别行政区政府不能控制的危及国家统一或安全的动乱而决定香港特别行政区进入紧急状态，中央人民政府可发布命令将有关全国性法律在香港特别行政区内实施。”
还有，《基本法》的解释权在全国人民代表大会常务委员会。《基本法》第158条规定：“本法的解释权属于全国人民代表大会常务委员会。”“如香港特别行政区法院在审理案件时需要对本法关于中央人民政府管理的事务或中央和香港特别行政区关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响到案件的判决，在对该案件作出不可上诉的终局判决前，应由香港特别行政区终审法院请全国人民代表大会常务委员会对有关条款作出解释。如全国人民代表大会常务委员会作出解释，香港特别行政区法院在引用该条款时，应以全国人民代表大会常务委员会的解释为准。”这体现了解释权与立法权的一致，体现了全国人大对香港立法权的领导权。
还有，《基本法》的修改权力也在全国人民代表大会。这也体现了最高立法主体对所属行政区的权力。《基本法》第159条规定：“本法的修改权属于全国人民代表大会。”“本法的任何修改，均不得同中华人民共和国对香港既定的基本方针政策相抵触。”中央的基本方针政策，中央对《基本法》的修改权，规定了中央对香港的权力。
（2）从行政所属关系的角度看，香港特别行政区直辖于中央人民政府。
香港特别行政区政府的行政长官，通过选举或协商产生后，还要由中央人民政府加以任命。香港特别行政区政府的行政长官在向香港特别行政区负责的同时必须向中央人民政府负责。对行政长官的渎职行为或违法行为的弹劾，也须报中央人民政府决定。
《基本法》第15条规定：“中央人民政府依照本法第四章的规定任命香港特别行政区行政长官和行政机关的主要官员。”《基本法》第43条规定：“香港特别行政区行政长官依照本法的规定对中央人民政府和香港特别行政区负责。”