慧能这段话足以把很多人看晕。我们一般人印象中的禅宗都是快刀斩乱麻式的，可没想到慧能都到立遗嘱的时候了，却来了这么一大段烦琐的概念辨析，实在不像是禅宗风格。但要细看这三十六对法的思想，确实是慧能一以贯之的，当然，其来有自，是有般若和中观的渊源的。至于三科法门，这就是非常传统的小乘佛学思想了。
先来说说三科。三科是阴、界、入，再具体说就是五阴、十八界、十二入，还能往下继续细分。大家要注意，这才是佛教当中最常见的类型，细分门类、烦琐辨析，这和大家熟悉的烧香拜佛、立地成佛、机锋棒喝等都大不一样。
阴、界、入的概念有好几种译名，所谓阴，就是前边介绍过的蕴，五阴也就是五蕴，界也叫持，东汉来华的安世高译过一部《阴持入经》，就是专谈这个的。这套名词分析起来过于复杂，我就挂一漏万，简要而言了。阴和蕴的意思都是聚合，就像前边讲的森林的例子，一座森林是由无数的树木聚合而成的，森林里的树木不断生老病死，所以并不存在一个恒常不变的森林。换句话说，森林是没有自性的，这就是空。五蕴包括客观事物、身体行为和意识感觉，这些东西都是空而不实的，这就是佛教的一个核心概念“五蕴皆空”。
至于十二入，是由五阴中的识阴细分出来的，分为外六尘和中六门。六尘是色、声、香、味、触、法；六门是眼、耳、鼻、舌、身、意。六门也叫六根，大家都很熟悉的一个词“六根清净”就是在说这个六根。六根和六尘是一一对应的关系，眼睛能看见色，耳朵能听见声，鼻子能闻见味，等等。这一切，也都是虚幻不实的。总之，客观世界是虚的，主观世界也是虚的，如果你能想通这个道理，就会明白世间一切爱欲执着也都是虚的，全都无可凭依。既然这也虚、那也虚，还有什么可追求、可留恋的呢？到了这一步，你就有望证得阿罗汉果位，称为罗汉了。
能搞懂这一套名相辨析，看来慧能在佛学上也不是没下过功夫。他接下来的一句话更让人吃惊：“人的自性蕴含万事万物，所以称之为含藏识。”这个含藏识有很多译名，最著名的就是法相宗唯识学里所谓的阿赖耶识。难道最直截了当的禅宗也从最复杂烦琐的法相宗那里偷师不成？确实有学者是这样说的，但是，阿赖耶识这个概念来源很古，原本是贪欲、爱恋的意思，后来名词被沿用了下来，并且被唯识学发扬光大，但内核早已被替换掉了。
再者，讲阿赖耶识的也不止法相宗一家，慧能的直系老祖宗楞伽师也讲这个概念，意思和唯识学的阿赖耶识并不相同，不是指人的第八识，而是指自性清净的如来藏（前边讲过），稍稍发展一步就是慧能常说的清净自性了。
但从慧能的下文来看，这个含藏识到底脱不了唯识学的干系。慧能说一旦起了分别心，这个含藏识就会成为转识。这里又有了一对成对的概念：阿赖耶识的另一个名字叫作本识，与之相对的概念叫作转识。说到这里，就不得不把唯识学简单介绍一下了。唯识学，用好听的话说叫博大精深，用难听的话说叫复杂烦琐（胡适称之为烦琐的经院哲学）——我也秉承慧能大师的嘱托，出语成对，不落边见。
唯识学把人的精神现象分成八种“识”：眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识（这个词传到教外，成为我们现在的常用词了）、末那识、阿赖耶识。前五种比较容易理解，所谓眼识就是视觉能力，所谓耳识就是听觉能力，然后是嗅觉、味觉和触觉。这五识都是局部地和外界发生作用，比如，如果月黑风高没有灯，眼识就不起作用，如果寂静无声，耳识就不起作用，如果有一只狗在你眼前，眼识会告诉你狗的毛色，耳识会告诉你狗的叫声，鼻识会告诉你狗的气味……这些识加在一起才构成了一个比较完整的狗的样子。但是，当这只狗从你面前跑开了，你的五识也就不起作用了，当你回想起这只狗的时候，你用的就是你的第六识——意识，你把这只狗和你从前见过的别的狗做比较，用的还是意识。意识和前五识不同，经常处于工作状态，就算你躺在夏威夷海滩上安心地享受着阳光，你的意识也不会完全闲下来。但意识仍不是完全连续的，比如，在你睡得太沉的时候，意识就中断了（其实这时候大脑仍在活动，只是古人不知道罢了）。
意识的力量很强大，既很有用，也很有害。说它有害，因为正是在意识当中产生了两种执着：我执和法执，这可是万恶之源呀。
所谓我执，就是对“我”的执着，凡夫俗子不明白五蕴皆空的道理，误以为自我是真性实体，由此产生了种种烦恼（这个问题在前边“无我”那段里讲过）。
所谓法执，法就是客观世界里的万事万物，大到山河大地，小到桌椅板凳，全都不是真实存在的，如果你认为这些都是真实存在，这就叫作法执。
我执和法执是人们解脱成佛的两大障碍，唯识学就是致力于破我执、破法执，让你明白无论是你自己，还是山河大地、日月星辰，这一切全是幻象。一切都是幻象，破掉幻象之后才会体悟所谓真如实相，前边讲过的般若智慧也是干这个用的。《金刚经》说“见诸相非相，即见如来”，正是这个道理。
解释到这里，虽然有一些超凡脱俗，但基本还在常识可以理解的范围，第七识和第八识就比较费解了。
从眼识到意识，基本都属于“对境心起”的范畴，也就是说，看见一位美女，你眼睛瞪大了，意识里迅速闪现过你这辈子见过的所有美女，一番比较之后觉得眼前这位最美，美女走后你还回味无穷。在这个过程里，你的所有六识都是作用于美女的出现——当然不一定是所有六识都起作用，如果你们是在公交车上遇上的，身识有可能让你成为“公交之狼”。
但对于这位美女的出现，第七识末那识是不起作用的，因为它对万事万物永远无动于衷，它所作用的对象是第八识阿赖耶识。
阿赖耶识是所有八识中最最根本的，另外七识都依附在阿赖耶识之上。阿赖耶识包含一切，主宰一切，产生一切。比如，我们眼前有一张桌子，你以为这张桌子是真实存在的吗？错了，是你的阿赖耶识里有个桌子的“种子”，这个种子也不是物质实体，而是精神性的，它平时处于潜伏的状态，当它显露出来的时候就成为前七识。于是，身识让你触摸到桌子的质感，眼识让你看见桌子的形状，鼻识让你闻到这张桌子刚刚被刷完油漆，耳识会让你听到桌子的四条腿不太稳当，时不时发出响声，舌识暂时派不上用场，因为你是不会去舔桌子的，意识让你回想起这张桌子就是前边讲过的那位美女回送给你的礼物（因为你专门花高价为她请了一尊好熊佛的纯金石膏像），这让你沾沾自喜、脸红心跳，于是舌识竟然也开始对桌子起作用了。
现在我来问你：你看到了、听到了、闻到了、舔到了、摸到了这张桌子，这张桌子是真实存在的吗？