明清时期，出于巩固封建统治的目的，两朝统治者对学校教育都十分重视，强调学校教育对于选拔人才的重要作用，甚至曾一度规定学校毕业可以直接授官。因此，在教育体制上基本承袭了前朝，并进一步规范和完善了前朝制度，使其教育体制更趋完备。总体来说，明清时期的学校体系基本一致，分成官学和私学两大部分。官学又分中央官学和地方官学；私学主要是以从事启蒙教育为主的学塾。除此之外，书院和社学也是明清时期学校体系中的重要组成部分，这两部分在不同的地方、不同的时期其办学性质会有所不同，经常是官私并举的状态居多，反映了当时统治者既想通过官办方式来实现对学校教育的控制，又无力全面控制，不得不借用民间力量办学的无奈。
一、县学
就明清时期经济条件并不算发达的义乌而言，作为地方官学的县学虽比前朝各代有所扩展和进步，地方官员也多半竭尽所能，但由于经济实力所限，县学的发展始终举步维艰，勉强支撑，所幸县学的文脉始终不曾中断。
据《义乌县志》记载，明洪武三年（1370年），明王朝初定天下，就在中央政府正式下诏开科举的同一年，义乌知县张永诚也依诏令继续开设县学，因原先的庙学之门庑和明伦堂等因年久失修而倾颓，不得不重新翻建。洪武二十九年（1396年），教谕张复祖将学宫旧廨庙向西十步处的乐育堂改建为明伦堂，作为给学生会讲的场所。到了建文二年（1400年），知县吴祐修又在明伦堂前的左右两侧建设斋舍，有忠孝、尊贤二堂，只有学门仍是旧之所存。到正统六、七年（1441—1442年），知县刘同重修了县学的戟门、明伦堂、学门、斋厨等，使县学规制重新恢复至先前的水平。弘治十六年（1503年）和正德元年（1505年），知县吕盛与知县洪通相继重新修砌。正德十三年（1518年），清军御史吴华将县学迁至县治西北绣湖滨宋元满心寺故址（今义乌四中）。嘉靖十年（1531年），知县马致远奉诏修建敬一亭；嘉靖十四年（1535年），署事通判汪昉重修庙学斋庑；嘉靖二十九年（1550年）知县汪道昆重新修葺县学；嘉靖四十二年（1563年），知县曹棻又移儒学门，署事推官王桢重建明伦堂；嘉靖四十四年（1565年），署事同知张书绅重修庙学庙门及两斋。万历七年（1579年），知县范俊重修先师庙、明伦堂、敬一亭、尊经阁等；万历二十一年（1593年），文庙梁柱倾颓，知县周士英命人修葺如旧。之后，又被流寇毁坏了大半。
清顺治七年（1650年），署事推官徐振儒建庙门七间；顺治九年（1652年），知县宋云梯又重建明伦堂；顺治十六年（1659年），知县郝麟生、教谕徐宏彰重建先师庙。康熙七年（1668年），知县孙家栋、教谕谭观成重建西庑；康熙十年（1671年），庙门因虫蛀腐朽将倾，知县于涟、教谕谭观成捐款重建，并新建了更衣所、宰牲房；康熙十一年（1672年），知县于涟复建崇圣、名宦、乡贤三祠；康熙十九年（1680年），先师庙倒塌，知县辛国隆与教谕闵圻申、训导王业澄重修先师庙；康熙二十二年（1683年），知县辛国隆、教谕吴观垣、训导董奕相捐款修葺了先师庙及崇圣公祠、明伦堂，吴观恒与董奕相还捐制了先师神龛；康熙三十年（1691年），知县王廷曾、教谕邱克承捐款修葺了庙学。乾隆十六年（1751年），贡生杨德修带头捐百金修复明伦堂；乾隆二十七年（1762年），知县赵宏信、教谕王力鳌、训导许煜及同乡毛巨翮、陈麟祥共同捐款重修了文庙；乾隆四十八年（1783年），知县谢惇、傅国相、署县曹署卿重建明伦堂、谒圣门、学门、棂星门围垣；乾隆六十年（1795年），乡人陈鹏祥、杨兆青、陈德广各捐出百金，增修大成殿、戟门、两庑椽瓦阶石。嘉庆六年（1801年），知县诸自谷捐百金，同教谕程瑜、训导李锡龄重修围垣。光绪二十四年（1898年），各府州县接到谕令开设学堂，旧有的书院、义学、社学一律改为中西兼习的学堂，县学随之消亡。
二、书院
书院是明清时期地方官学以外最重要的教育机构。与唐宋时期的书院以名师宿儒讲经授徒，开展学术研究不同，经元代的“书院官学化”影响，明清时期书院的设置目的发生了一些变化，除有些书院依然保持了学者独立治学的精神，属研究型学术场所，学者在则书院兴、学者去则书院废，特别是进入清代，大部分都是地方官绅为举业而设，属教学型的学堂，有些甚至与社学或义学的功能相似，这些书院多半沦为了八股取士的预备场所。尽管如此，就数量而言，明代仍是义乌书院发展最盛的时期，清代开始走向衰退。